Thanh niên Cộng hòa được tổ chức chặt chẽ theo các cấp:[5]

• Tại các tỉnh: gồm các xã đoàn.
• Tại các thành phố: gồm các khu đoàn.
• Tại đô thành Sài Gòn: gồm các phường đoàn.
• Tổng đoàn bộ: thuộc cấp trung ương.

Tại các xã (phường, khu đặc biệt), đơn vị lãnh đạo bao gồm một đoàn phó, một đoàn trưởng, một hội đồng chỉ đạo. Đứng đầu các tỉnh, quận là một thủ lĩnh, hai phó thủ lĩnh và một hội đồng chỉ đạo, riêng ở cấp trung ương có một tổng thủ lĩnh, ba thủ lĩnh đặc biệt.

Ở các tỉnh, chính quyền Việt Nam Cộng hòa lập ra chức "thanh tra thanh niên" nhằm huấn luyện quân sự cho tổ chức này.[6]